Os inibidores químicos da COPZ2 podem interferir com vários processos celulares que são cruciais para a função da proteína no tráfico intracelular. A monensina perturba o transporte de iões de sódio, que é essencial para manter os gradientes iónicos de que a COPZ2 depende para o seu papel no tráfico vesicular. A desordem na homeostase iónica pode levar a uma cascata de disfunções, impedindo, em última análise, a capacidade do COPZ2 de facilitar o transporte de vesículas. Do mesmo modo, a Brefeldina A tem como alvo o fator de ADP-ribosilação, que é necessário para a formação do complexo de coatômeros de que a COPZ2 faz parte. Ao inibir este fator, a brefeldina A impede a montagem adequada dos complexos de coátomos, inibindo assim diretamente as funções do COPZ2. O Nocodazol e a Latrunculina B, por outro lado, têm como alvo o citoesqueleto, mas através de mecanismos diferentes. O Nocodazole perturba a dinâmica dos microtúbulos, que são essenciais para os processos de transporte vesicular que envolvem COPZ2, enquanto a Latrunculina B inibe a polimerização da actina, afectando o citoesqueleto de actina e, consequentemente, dificultando o papel de COPZ2 no tráfico de vesículas.
Outros inibidores, como a citocalasina D, o Dynasore e o ML141, perturbam a organização do citoesqueleto e a dinâmica das vesículas de formas distintas. A citocalasina D afecta os filamentos de actina, que desempenham um papel na manutenção da estrutura global necessária para o sistema de transporte vesicular que envolve o COPZ2. O Dynasore, ao inibir a atividade da dynamin GTPase, bloqueia a cisão de vesículas do aparelho de Golgi, afectando assim o papel do COPZ2 no processo. O ML141 tem como alvo específico e inibe a Cdc42 GTPase, levando a uma desorganização do citoesqueleto de actina, que é crucial para as vias de tráfico de vesículas, tendo assim um efeito inibitório sobre COPZ2. A Golgicida A e a SecinH3 visam a regulação da estrutura do Golgi e a sinalização da ARF GTPase, respetivamente. O Golgicide A inibe o fator 1 de resistência ao BFA do Golgi, paralisando a estrutura do Golgi onde o COPZ2 funciona, enquanto o SecinH3 interrompe a sinalização da ARF GTPase, prejudicando a montagem do complexo da proteína do revestimento e a função do COPZ2. Por último, Exo1 e Endosidin1 têm como objetivo a regulação da formação e fusão de vesículas. Exo1 impede a ativação de membros da família ARF, afectando o recrutamento e a função do coatomer onde COPZ2 está envolvido, e Endosidin1 inibe a subunidade EXO70 do complexo exocisto, alterando os eventos de ligação e fusão de vesículas, que são processos essenciais para o papel de COPZ2 no tráfico vesicular.
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