Os inibidores químicos da Cml5 são concebidos para perturbar a atividade funcional desta proteína, impedindo as vias de sinalização e os eventos de fosforilação que são essenciais para a sua ativação. A estaurosporina é um potente inibidor da quinase que pode impedir os processos de fosforilação necessários para a ativação da Cml5. Esta inibição de largo espetro abrange uma variedade de cinases que podem contribuir para o estado funcional da Cml5. Do mesmo modo, a Bisindolilmaleimida I centra-se na proteína quinase C (PKC) e, ao inibir a PKC, pode impedir a fosforilação e a subsequente ativação da Cml5, assumindo que a PKC está envolvida na sua sinalização. O LY294002 e a Wortmannin têm ambos como alvo as fosfoinositídeo 3-quinases, que são fundamentais em numerosas cascatas de sinalização; a sua ação pode levar a uma redução da sinalização subsequentes necessária para a ativação da Cml5, inibindo assim a função da proteína.
Além disso, os inibidores da MEK U0126 e PD98059 podem interromper a ativação da via MAPK/ERK, uma via importante que pode ser utilizada pela Cml5 para a sua ativação. A inibição desta via resultaria numa diminuição da função da Cml5. O SB203580 actua de forma semelhante ao visar a p38 MAP quinase, que é outra molécula de sinalização crítica que pode regular a atividade da Cml5. Ao inibir a p38 MAPK, o SB203580 pode suprimir a atividade funcional da Cml5. A rapamicina, um inibidor da mTOR, pode obstruir a via de sinalização da mTOR, potencialmente vital para a função da Cml5, enquanto o SP600125 pode inibir a sinalização da JNK, o que resultaria na inibição funcional da Cml5 se a JNK estiver ascendente. Além disso, o PP2, como inibidor da cinase da família Src, e o Dasatinib, um inibidor abrangente da tirosina cinase, impediriam a fosforilação e a ativação da Cml5 se as cinases da família Src ou as tirosina cinases fossem necessárias para a ativação da Cml5. Por último, o imatinib tem como alvo específico as tirosinas quinases, como a BCR-ABL, e a sua ação na inibição destas quinases suprimiria a atividade funcional da Cml5 se esta estivesse envolvida em vias de sinalização semelhantes. Entre esses inibidores, cada um tem como alvo cinases ou vias específicas que são essenciais para a ativação da Cml5, levando à sua inibição funcional ao impedir a fosforilação ou os eventos de sinalização necessários.
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