Os inibidores químicos da CDY podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos relacionados com a modificação da estrutura da cromatina e do estado de acetilação das histonas. A tricostatina A, o ácido valpróico, o mocetinostato, o entinostato, o vorinostato, o panobinostato, a romidepsina, o belinostato, a chidamida, o AR-42, o quisinostato e o givinostato são compostos que inibem a atividade das histonas desacetilases (HDAC). As HDACs são enzimas que removem os grupos acetilo das histonas, conduzindo a uma forma mais compacta e menos acessível de cromatina que pode suprimir a expressão genética. Ao inibir essas enzimas, os produtos químicos acima mencionados mantêm a acetilação das histonas, o que pode resultar numa estrutura de cromatina mais aberta. Esta alteração na paisagem da cromatina pode inibir a função da CDY, afectando a sua interação com outras proteínas e a sua capacidade de regular a expressão genética.
A inibição específica das HDACs de classe I por compostos como o Mocetinostat, o Entinostat e a Romidepsina pode alterar o estado de modificação das histonas, o que influencia as interacções proteína-proteína da CDY e as suas funções reguladoras. Por exemplo, o Mocetinostat pode inibir seletivamente os HDACs, o que pode impedir a desacetilação de histonas estreitamente associadas à proteína CDY. A inibição selectiva de HDACs de classe I pelo entinostato pode também impedir a desacetilação de histonas em torno da CDY, inibindo potencialmente a sua função na regulação genética. Da mesma forma, a inibição da atividade da HDAC pelo vorinostato leva a estados alterados da cromatina que podem inibir o papel da CDY na expressão genética. O panobinostato, como potente inibidor da pan-desacetilase, poderia alterar amplamente o estado de acetilação das histonas, afectando o contexto funcional em que a CDY opera. A inibição das HDACs pelo belinostato e pela chidamida pode alterar a estrutura da cromatina e, assim, afetar as funções reguladoras da CDY na expressão genética. O AR-42 perturba o equilíbrio entre a acetilação e a desacetilação, afectando potencialmente o papel da CDY na estrutura da cromatina, enquanto a inibição das HDACs pelo Givinostat afecta as marcas epigenéticas que controlam os ambientes cromatínicos da CDY. Estes inibidores químicos podem, coletivamente, alterar a função do CDY, afectando a cromatina e as paisagens epigenéticas que são centrais para a sua estrutura operacional.
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