Os inibidores químicos da CCDC91 funcionam perturbando vários aspectos do processo de tráfico intracelular, no qual a CCDC91 é parte integrante. A Wortmannin exerce o seu efeito inibitório através do bloqueio da PI3K, uma quinase vital para a formação e o tráfico de vesículas, que é um processo fundamental ao qual a CCDC91 está associada. O Dynasore tem como alvo as dinaminas, enzimas GTPase necessárias para a cisão de vesículas recém-formadas das membranas. Esta ação interrompe diretamente as etapas do tráfico de vesículas que são cruciais para a função do CCDC91. Do mesmo modo, a clorpromazina impede a função do CCDC91 ao inibir a endocitose mediada pela clatrina, uma via que envolve o CCDC91 na triagem e no transporte vesicular. A brefeldina A, por outro lado, perturba a estrutura do aparelho de Golgi, através do qual o CCDC91 medeia o movimento vesicular. A perturbação da função do Golgi por este composto conduz a uma ampla inibição do tráfico de vesículas e, por conseguinte, da atividade da CCDC91. A monensina também interfere com a função do Golgi, mas fá-lo alterando o pH e os gradientes iónicos, que são essenciais para a manutenção da estrutura e da função do Golgi e, por extensão, para o papel do CCDC91 no tráfico.
Para além disso, o Pitstop 2 desactiva a função do CCDC91 ao bloquear a endocitose mediada pela clatrina, impedindo a formação de vesículas revestidas de clatrina, que são necessárias para o papel do CCDC91 no tráfico. A Tyrphostin AG 879 e a Genistein, ambos inibidores da tirosina quinase, inibem a fosforilação de proteínas-chave envolvidas nas vias de tráfico vesicular de que o CCDC91 faz parte. O Nocodazole e o Paclitaxel exercem os seus efeitos nos microtúbulos, com o Nocodazole a perturbar a polimerização dos microtúbulos e o Paclitaxel a estabilizar os microtúbulos, levando ambos à inibição da CCDC91 ao afetar o transporte de vesículas dependente dos microtúbulos. A citocalasina D inibe a polimerização da actina, essencial para a motilidade vesicular, impedindo assim a função da CCDC91 ao afetar o citoesqueleto. Por último, a Filipina III liga-se ao colesterol, perturbando a formação e a função das jangadas lipídicas, o que também é importante para os processos de tráfico vesicular que envolvem a CCDC91, afectando a curvatura da membrana e a formação de vesículas.
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