Os inibidores químicos da proteína CCDC42B actuam através de vários mecanismos para impedir a sua função nos processos celulares. A esturosporina, como inibidor de quinase de largo espetro, bloqueia os eventos de fosforilação cruciais para a atividade desta proteína, inibindo assim a sua função. Semelhante na sua abordagem, a bisindolilmaleimida I visa especificamente a proteína quinase C (PKC), uma quinase com um papel regulador sobre o CCDC42B. O SP600125 e o SB203580 têm como alvo diferentes quinases nas vias da proteína quinase activada por mitogénio (MAPK) - a quinase N-terminal de Jun (JNK) e a quinase p38 MAP, respetivamente. A inibição pelo SP600125 pode perturbar o envolvimento do CCDC42B em processos celulares relacionados com a JNK. A inibição da p38 MAP quinase pelo SB203580 pode interromper de forma semelhante as vias de sinalização que requerem a participação do CCDC42B, inibindo efetivamente a sua função.
Visando ainda mais as vias de sinalização de que o CCDC42B pode depender, o LY294002 e a Wortmannin exercem os seus efeitos através da inibição da fosfoinositídeo 3-quinases (PI3K). A prevenção da atividade da PI3K resulta no bloqueio de eventos de sinalização subsequentes que são essenciais para a atividade do CCDC42B. A inibição da quinase mTOR (mammalian target of rapamycin) pela rapamicina também pode levar a uma inibição do CCDC42B, perturbando os processos de crescimento e proliferação celular nos quais o CCDC42B pode estar envolvido. O PD98059 e o U0126, ambos inibidores da MEK, impedem a ativação da via MAPK/ERK, uma via reguladora normalmente utilizada por proteínas como o CCDC42B, inibindo assim a sua função. A brefeldina A adopta uma abordagem diferente, perturbando o tráfico de proteínas através da inibição do fator de ADP-ribosilação, bloqueando o transporte do CCDC42B no interior da célula. Por último, o Go6983 e a Genisteína, ao inibirem a PKC e as tirosina quinases, respetivamente, impedem a fosforilação e a subsequente regulação das proteínas, o que inclui a inibição da atividade do CCDC42B.
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