Os possíveis inibidores do CCDC42 podem ser a Wortmannin e o LY294002, por exemplo, inibidores da PI3K, que podem afetar as vias de sinalização de que o CCDC42 pode fazer parte, alterando assim a sua atividade ou o contexto celular em que funciona. A estabilização dos microtúbulos pelo paclitaxel pode afetar proteínas como a CCDC42, que estão envolvidas na manutenção da estrutura celular ou associadas ao citoesqueleto. Os compostos como o MLN8237 (Alisertib), que têm como alvo as cinases da divisão celular, podem afetar indiretamente a CCDC42 ao interromperem processos como a mitose, onde a CCDC42 pode desempenhar um papel. A cicloheximida e o MG132, que afectam a síntese e a degradação de proteínas, respetivamente, podem alterar a abundância celular de CCDC42, influenciando assim a sua atividade biológica.
Pequenas moléculas como o Y-27632 e o U0126, que modulam a dinâmica do citoesqueleto e as vias de sinalização, podem afetar indiretamente o contexto operacional do CCDC42 nas células. As alterações dos padrões de expressão genética e das paisagens epigenéticas através da ação da 5-azacitidina e da tricostatina A podem também levar a alterações da expressão de CCDC42. O SB431542 e a 2-Deoxi-D-glicose representam inibidores da sinalização celular e do metabolismo, respetivamente, que poderiam criar um ambiente ou condições celulares que modulam indiretamente a função ou a presença de CCDC42.
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