Os inibidores da PI3K do CCDC144B, como o LY294002 e a Wortmannin, podem alterar as cascatas de sinalização subsequentes às quais proteínas como o CCDC144B podem fazer parte. Isto pode resultar em alterações da atividade da proteína, incluindo estados de fosforilação alterados que regulam a função e as interacções. Do mesmo modo, os inibidores da MEK, como o PD98059 e o U0126, perturbam a via MEK/ERK, que está frequentemente implicada nos processos de proliferação e diferenciação celular. Ao alterar esta via, os inibidores da MEK podem modular a atividade das proteínas que são reguladas ou participam nesta sinalização.
Outros compostos, como o SB203580 e o SP600125, têm como alvo as cinases activadas pelo stress, como a p38 MAPK e a JNK. Estas cinases participam nas respostas celulares ao stress e podem regular proteínas que estão envolvidas nestas respostas. Ao inibir essas quinases, os compostos podem modular a atividade das proteínas reguladas pelas respostas ao stress. Além disso, os inibidores da mTOR, como a rapamicina, afectam o crescimento e a proliferação celular, que são processos que proteínas como a CCDC144B podem influenciar. Além disso, os inibidores que têm como alvo a dinâmica do citoesqueleto (Y-27632), o metabolismo celular (Dorsomorfina), a progressão do ciclo celular (ZM-447439) e a degradação de proteínas (Bortezomib) também podem modular indiretamente a atividade de uma vasta gama de proteínas, alterando o ambiente celular e os processos de que dependem. Por exemplo, a inibição da ROCK com o Y-27632 pode alterar a organização do citoesqueleto e afetar potencialmente as proteínas associadas a essas estruturas. A inibição do proteassoma pelo bortezomib pode levar a uma acumulação de proteínas, incluindo a CCDC144B, afectando a sua renovação e os seus níveis de estado estável.
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