Os inibidores da CCDC106 representam um grupo diversificado de compostos que interferem com várias vias de sinalização e processos celulares, conduzindo, em última análise, a uma diminuição da atividade da proteína CCDC106. Os mecanismos de inibição vão desde a inibição direta da cinase, que impede a fosforilação necessária para a função do CCDC106, como acontece com a estauroporina, até efeitos mais complexos e indirectos na atividade do CCDC106, como os resultantes da perturbação da via PI3K/AKT/mTOR por compostos como o LY294002 e a wortmannina. Estes inibidores, através das suas acções específicas, podem diminuir a fosforilação da AKT e os subsequentes eventos de sinalização a jusante, que podem ser críticos para a atividade do CCDC106.
A inibição específica de cinases como MEK, p38 MAP quinase, JNK, mTOR, cinases da família Src, FGFR tirosina quinase e ROCK por compostos como PD98059, SB203580, SP600125, rapamicina, PP2, PD173074 e Y-27632, respetivamente, sugere que o CCDC106 é potencialmente regulado através de múltiplos mecanismos dependentes da fosforilação. Além disso, o inibidor do proteassoma bortezomib pode diminuir a atividade do CCDC106 ao afetar a renovação das proteínas, realçando a importância das vias de degradação das proteínas na regulação do CCDC106.
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