O LY294002 e a Wortmannin, ao inibirem a PI3K, podem perturbar a sinalização da AKT, uma via que pode intercetar a funcionalidade do CCDC104 na regulação do crescimento e da sobrevivência das células. Do mesmo modo, os inibidores da MEK, como o PD98059 e o U0126, podem afetar a via da ERK, um mediador crítico do ciclo e da divisão celular, onde o CCDC104 pode desempenhar um papel. A inibição da JNK activada pelo stress por SP600125 ou da p38 MAP quinase por SB203580 também pode modular a função do CCDC104 se este estiver envolvido nas respostas ao stress celular. Sabe-se que os inibidores da Aurora quinase, como o ZM-447439, influenciam as proteínas relacionadas com o ciclo celular, o que pode incluir o CCDC104 se este participar em processos mitóticos.
No contexto da renovação das proteínas, o bortezomib pode afetar a estabilidade do CCDC104 através da inibição do proteasoma, a principal maquinaria responsável pela degradação das proteínas. A tricostatina A altera os padrões de expressão genética através da inibição das histonas desacetilases, afectando o CCDC104 se a sua expressão for dependente da cromatina. A inibição da calcineurina pela ciclosporina A pode afetar as proteínas envolvidas nas vias de resposta imunitária, o que poderia afetar o papel do CCDC104 nessas vias. A inibição abrangente das cinases pela esturosporina pode afetar o estado de fosforilação e, consequentemente, a atividade do CCDC104.
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