Os inibidores químicos do CCDC100 funcionam através de diversos mecanismos para modular a sua atividade. A esturosporina é um inibidor de quinase de largo espetro que pode suprimir a fosforilação de várias proteínas, incluindo a CCDC100, ao visar a proteína quinase C (PKC). Esta ação resulta numa capacidade reduzida da CCDC100 para desempenhar as suas funções celulares normais, que dependem frequentemente do seu estado de fosforilação. Do mesmo modo, a bisindolilmaleimida I inibe especificamente a PKC, que pode ser responsável pela fosforilação da CCDC100, pelo que a sua inibição pode levar a uma diminuição da atividade da CCDC100. A emodina funciona como um inibidor da tirosina quinase, o que pode afetar indiretamente a fosforilação e a subsequente atividade da CCDC100, uma vez que as tirosina quinases podem fosforilar a CCDC100 e regular a sua função.
Na via MAPK, o PD 98059 e o U0126 funcionam como inibidores da MEK, que é uma quinase ascendente que ativa a via ERK, uma via normalmente utilizada para a regulação da função proteica através da fosforilação. A inibição desta via pelo PD 98059 ou pelo U0126 pode resultar na redução da fosforilação e da atividade do CCDC100 se este for um alvo subsequentes. Além disso, o SB203580 e o SP600125 têm como alvo diferentes componentes da via MAPK, nomeadamente a p38 MAPK e a JNK, respetivamente. A inibição destas cinases pode levar a uma diminuição da atividade do CCDC100 se este for regulado por estas vias. Noutra frente, o LY294002 e a Wortmannin inibem a PI3K, e a Rapamicina tem como alvo a mTOR, ambas fazendo parte da via de sinalização PI3K/AKT/mTOR. A inibição destas vias pode perturbar o estado de fosforilação e a atividade do CCDC100 se este estiver envolvido nestas cascatas de sinalização. Por último, o PP2 e o Dasatinib inibem as tirosina-quinases da família Src e o c-KIT, que podem fosforilar uma variedade de proteínas. Se o CCDC100 for um substrato para estas cinases, a sua atividade pode ser reduzida após a sua inibição.
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