A estafurosporina é um potente inibidor da cinase com uma vasta gama de alvos, capaz de interromper os eventos de fosforilação que são centrais para muitas vias de sinalização celular. A sua atividade de largo espetro implica que pode influenciar a atividade de numerosas proteínas dentro destas vias. A rapamicina e compostos semelhantes inibem a via de sinalização mTOR, que é crucial para o crescimento e a proliferação celular. Ao inibir a mTOR, esses compostos podem alterar a função de proteínas que fazem parte ou são reguladas por essa via. A cicloheximida e a actinomicina D são inibidores clássicos da síntese de proteínas e de ARN, respetivamente, afectando a expressão de muitas proteínas em várias vias.
O MG132 tem como alvo o sistema ubiquitina-proteasoma, que desempenha um papel fundamental na degradação das proteínas. Ao inibir a atividade proteasomal, a MG132 pode levar à acumulação ou estabilização de proteínas na célula, afectando a sua dinâmica funcional. A brefeldina A, que afecta o tráfico vesicular, pode alterar a localização e o processamento de proteínas que transitam pelo retículo endoplasmático (RE) e pelo aparelho de Golgi. Inibidores como a 2-desoxi-D-glicose interferem com vias metabólicas como a glicólise, afectando o metabolismo energético da célula e, potencialmente, afectando proteínas associadas ao metabolismo. O PD98059 e o U0126 são inibidores específicos da MEK, que faz parte da cascata de sinalização MAPK/ERK, uma via frequentemente implicada na diferenciação e proliferação celular.
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