Os inibidores do C19orf39 são uma classe de compostos que actuam em várias vias de sinalização e processos celulares para inibir indiretamente a atividade do C19orf39. Estes inibidores incluem inibidores da cinase, como a Staurosporina, que, através da sua inibição da cinase de largo espetro, pode perturbar as funções dependentes da fosforilação do C19orf39. O U0126 inibe a MEK1/2, reduzindo consequentemente a sinalização ERK1/2, o que poderia diminuir a atividade do C19orf39 se este dependesse desta via. O LY294002 e a rapamicina têm como alvo a via PI3K/AKT/mTOR; o primeiro inibe a PI3K e o segundo inibe a mTOR, podendo ambos diminuir a atividade do C19orf39 ao interferir com os sinais de sobrevivência e proliferação.
O inibidor de ATR VE-821 e o inibidor de ATM KU-55933 visam especificamente as cinases ATR e ATM, respetivamente, que são críticas para a resposta aos danos no ADN. A inibição destas cinases poderia levar a uma redução da resposta aos danos no ADN em que o C19orf39 está potencialmente envolvido, inibindo assim a sua função. O inibidor do proteassoma Bortezomib pode levar à acumulação de proteínas mal dobradas ou danificadas, afectando o C19orf39 se este estiver sujeito a degradação proteasomal. O inibidor da Hsp90 17-AAG poderia desestabilizar o C19orf39 se este fosse uma proteína cliente da Hsp90.
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