O domínio dos activadores C17orf59 depende em grande medida do jogo intrincado dos processos celulares que envolvem os endossomas e os lisossomas. A cloroquina, conhecida por modular o pH lisossomal, e a bafilomicina A1, um inibidor específico da H+-ATPase do tipo vacuolar, podem criar efeitos de ondulação na funcionalidade lisossomal, afectando assim os processos associados ao BORCS6. Dada a associação do BORCS6 a estes organelos, produtos químicos como o U18666A, que perturbam o transporte intracelular de colesterol, podem lançar sombras indirectas sobre a atividade do BORCS6.
A endocitose e o tráfico vesicular desempenham um papel central nas vias a que o BORCS6 está associado. Este facto coloca no centro das atenções agentes como a Wortmannin, o Dynasore e o EIPA, que visam vários componentes dos processos endocíticos. A influência que estes compostos exercem sobre a endocitose e o movimento vesicular cria um ambiente propício à modulação da atividade do BORCS6. Do mesmo modo, a Genisteína e o LY294002, ao inibirem cinases celulares específicas, moldam a paisagem endocítica, orientando indiretamente os processos BORCS6.
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