A Wortmannin e o LY294002 são ambos inibidores da PI3K; ao modularem a via de sinalização PI3K/AKT, podem afetar os processos a jusante que regulam a função e a interação das proteínas. O PD0332991, como inibidor da CDK4/6, pode influenciar a maquinaria do ciclo celular, o que, por sua vez, pode regular as proteínas associadas ao controlo do ciclo celular. A inibição do recetor TGF-β pelo SB431542 pode modular as vias de sinalização SMAD, afectando assim as interacções entre proteínas que dependem desta via.
A Aurora quinase, alvo do ZM447439, é essencial para a divisão celular e a sua inibição pode alterar as proteínas relacionadas com os processos mitóticos. O SP600125 actua sobre a JNK, modulando as vias da proteína cinase activada pelo stress, o que pode influenciar a função das proteínas que respondem a sinais de stress celular. O Y-27632 e o U0126 têm como alvo a ROCK e a MEK, respetivamente, ambas envolvidas em vias que afectam o citoesqueleto e a via de sinalização ERK/MAPK; estas podem ter amplos efeitos na atividade das proteínas. A ação da 5-Azacitidina na DNA metiltransferase pode levar a alterações na expressão genética, afectando potencialmente os níveis proteicos. A inibição do proteassoma pelo MG132 pode estabilizar as proteínas, impedindo a sua degradação, o que influencia a sua atividade. A inibição da gama-secretase pelo DAPT pode ter impacto na via de sinalização Notch, e esta modulação pode afetar a forma como as proteínas interagem dentro desta via. A inibição da mTOR pela rapamicina pode ter um efeito significativo na síntese proteica, modulando assim a atividade das proteínas que são sensíveis às taxas de síntese.
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