Compostos como a Genisteína funcionam de forma diferente, actuando principalmente como inibidores da tirosina quinase, mas também influenciando a atividade das proteínas através da modulação das vias de sinalização. O ácido retinóico, um derivado da vitamina A, interage com os receptores de ácido retinóico para regular a expressão genética, um processo que pode ter um efeito profundo no estado funcional das proteínas. O cloreto de lítio segue outra via, inibindo a GSK-3β, activando assim a via de sinalização Wnt e influenciando a atividade proteica subsequente.
Mais para dentro da maquinaria celular, o U0126 serve como inibidor da MEK, com o potencial de alterar a atividade das proteínas que são reguladas pela via da MAPK. Do mesmo modo, o KN-93, que inibe a CaMKII, e o LY294002, um inibidor da PI3K, podem modular indiretamente a atividade das proteínas no âmbito das respectivas vias de sinalização do cálcio e PI3K/AKT. A inibição da GSK-3 pelo SB216763 leva à ativação da sinalização Wnt, o que, mais uma vez, pode ter um efeito de ondulação na atividade proteica. O H-89, embora seja um potente inibidor da PKA, também pode exercer efeitos fora do alvo que podem influenciar a atividade de uma série de proteínas. O ácido ocadaico, potente na inibição das proteínas fosfatases 1 e 2A, provoca um aumento da fosforilação das proteínas, o que pode levar à ativação de determinadas proteínas. A tricostatina A, ao inibir as histonas desacetilases, altera a expressão genética que, por sua vez, pode afetar a atividade das proteínas.
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