Os inibidores químicos da C12orf44 têm como alvo várias fases da via da autofagia em que esta proteína é um ator-chave. Sabe-se que a 3-metiladenina, por exemplo, inibe a autofagia ao bloquear a formação de autofagossomas, que é uma etapa crucial na qual a C12orf44 está envolvida. Do mesmo modo, a Wortmannin e o LY294002 são inibidores da PI3K que impedem a via de sinalização PI3K/AKT crucial para a autofagia, inibindo assim indiretamente as actividades do C12orf44. O Spautin-1 tem como alvo as peptidases específicas da ubiquitina que fazem parte do processo de autofagia e, ao fazê-lo, pode restringir o papel funcional do C12orf44. A cloroquina e a bafilomicina A1 impedem a fusão entre os autofagossomas e os lisossomas, um processo que depende do funcionamento correto das proteínas relacionadas com a autofagia, incluindo a C12orf44. A Concanamicina A funciona de forma semelhante à Bafilomicina A1, interrompendo a via da autofagia a jusante da atividade da C12orf44.
Além disso, a tapsigargina perturba a homeostase do cálcio celular, que é outro fator importante na regulação da autofagia, e esta perturbação é suscetível de inibir as funções do C12orf44 relacionadas com a autofagia. O Lys05, como inibidor lisossómico duplo, perturba os processos autofágicos, incluindo a maturação dos autofagossomas, em que o C12orf44 desempenha um papel. O MHY1485 ativa o mTOR, que é um regulador negativo da autofagia, e essa ativação pode inibir a função do complexo ULK1 que inclui o C12orf44, impedindo assim o seu papel na iniciação da autofagia. O autofinib, ao inibir a formação de autofagossomas, pode suprimir a função do C12orf44, que é essencial para este processo. Por último, o SBI-0206965, ao inibir a atividade da quinase ULK1, pode limitar o início da autofagia, inibindo assim as actividades funcionais do C12orf44 que estão associadas a esta fase inicial do processo autofágico. Cada um destes produtos químicos, através das suas acções distintas na via da autofagia, pode impedir o papel funcional do C12orf44 neste processo celular essencial.
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