Os inibidores químicos do C12orf35 desempenham um papel crucial na modulação da sua função, actuando sobre várias vias de sinalização. A Wortmannin e o LY294002, como inibidores da PI3K, podem levar a uma cascata de eventos que resultam na redução da ativação da Akt, uma quinase que está diretamente envolvida na via em que o C12orf35 opera. Esta redução da ativação da Akt conduz, consequentemente, a uma inibição da função do C12orf35. Do mesmo modo, a rapamicina liga-se à FKBP12 e inibe a mTOR, outra quinase na via do C12orf35. Esta inibição da mTOR pode suprimir a função das proteínas a jusante da C12orf35, reduzindo efetivamente a atividade da proteína na célula. Além disso, o PD98059 e o U0126, que têm como alvo a MEK1/2, podem reduzir significativamente a fosforilação e a atividade da ERK na via MAPK/ERK, outra cascata de sinalização da qual se sabe que o C12orf35 faz parte. Ao diminuir a atividade da ERK, estes inibidores podem levar a uma redução da função do C12orf35.
Para além destes, o SB203580 e o SP600125 têm como alvo a p38 MAP quinase e a JNK, respetivamente, que estão ambas envolvidas em vias de sinalização com o C12orf35. A inibição destas cinases pode levar a uma diminuição da atividade funcional do C12orf35. O PP2 e o dasatinib inibem as cinases da família Src, que são reguladores a montante das vias que envolvem o C12orf35; isto pode levar a uma redução da atividade das cinases e, por conseguinte, inibir a função do C12orf35. O erlotinib e o lapatinib inibem o EGFR e o HER2, componentes-chave das vias de sinalização dos receptores tirosina-quinase que envolvem o C12orf35. Ao inibir estes receptores, a sinalização a jusante que regula a atividade do C12orf35 pode ser suprimida. Por último, o sorafenib inibe várias proteínas quinases de tirosina, como as quinases VEGFR, PDGFR e Raf, que também fazem parte das vias de sinalização em que o C12orf35 está ativo. A inibição destas quinases pelo sorafenib pode levar a uma redução da função do C12orf35, demonstrando a capacidade do composto para inibir a atividade desta proteína específica através de várias vias interligadas.
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