Os inibidores químicos da bomapina funcionam através da interação com as vias proteolíticas que a bomapina é conhecida por regular. O AEBSF, um inibidor da serina protease, pode inibir as proteases que a bomapina tem como alvo, reduzindo efetivamente a necessidade funcional do papel regulador da bomapina nestas vias. Do mesmo modo, a aprotinina, um inibidor da serina protease de largo espetro, também pode inibir a atividade de múltiplas proteases reguladas pela bomapina, tornando redundantes as acções reguladoras da bomapina. O gabexato e o nafamostato, ambos inibidores da serina protease, podem diminuir ainda mais a necessidade funcional da bomapina, inibindo proteases-chave nas mesmas vias, conduzindo assim indiretamente a uma inibição funcional da atividade da bomapina. O Camostat, outro inibidor da serina protease, pode reduzir a atividade das enzimas que a bomapina deve regular, influenciando o papel da bomapina na célula.
O ácido tranexâmico, ao inibir a ativação do plasminogénio, pode influenciar indiretamente o ambiente proteolítico e, por conseguinte, a atividade funcional da bomapina. O E-64, embora seja principalmente um inibidor da cisteína protease, pode alterar o equilíbrio proteolítico na célula, o que pode afetar as vias em que a bomapina tem importância reguladora. A leupeptina, que inibe tanto a serina como a cisteína proteases, pode diminuir o papel funcional da bomapina, reduzindo a atividade destas enzimas. A pepstatina A, um inibidor da protease aspártica, e a quimostatina, um inibidor da serino-protease semelhante à quimotripsina, podem também reduzir a necessidade das acções da bomapina, inibindo a atividade de outras enzimas dentro do mesmo quadro regulamentar. A antipaína, ao inibir as serina e cisteína proteases, pode diminuir a necessidade das acções reguladoras da bomapina. Por último, o fosforamidon, um inibidor da metaloprotease, pode alterar as actividades das proteases relacionadas com a bomapina, reduzindo potencialmente o papel funcional da bomapina na regulação das proteases.
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