Os inibidores da BLOS3 são substâncias químicas conhecidas por afectarem indiretamente a função ou a biogénese dos organelos lisossomais, dado o papel da BLOS3 nesses processos. Uma das principais formas de estes compostos exercerem a sua influência é através da modulação do pH no lisossoma, crucial para as suas funções enzimáticas. Por exemplo, a cloroquina e a hidroxicloroquina são agentes lisossomotrópicos que aumentam o pH dos lisossomas, podendo afetar proteínas como a BLOS3, envolvidas na biogénese lisossomal. Do mesmo modo, compostos como a Bafilomicina A1 e a Concanamicina A impedem a H+-ATPase vacuolar, inibindo a acidificação do lúmen lisossómico.
O papel do lisossoma na degradação das proteínas também é visado pelos inibidores. A leupeptina, a pepstatina A e o E64d são inibidores da protease que impedem os processos de degradação das proteínas lisossomais e, por conseguinte, podem afetar as proteínas envolvidas na função ou na biogénese do lisossoma. Além disso, a via da fosfatidilinositol 3-quinase (PI3K), essencial para a autofagia e os processos lisossómicos, é inibida por compostos como a 3-metiladenina (3-MA), a Wortmannin e o LY294002. Ao perturbar a autofagia, estes compostos podem afetar indiretamente a biogénese lisossomal e proteínas como a BLOS3.
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