Os inibidores químicos da BAT9 podem afetar a função desta proteína através de várias vias de sinalização, visando cinases específicas. A Wortmannin e o LY294002, como inibidores das fosfoinositídeo 3-quinases, podem impedir a ativação da via de sinalização AKT, que é essencial para várias funções celulares, incluindo as que envolvem o BAT9. Esta inibição interrompe o processo de fosforilação, reduzindo assim a capacidade funcional do BAT9. Do mesmo modo, o PD98059 e o U0126 interrompem a via MAPK/ERK, inibindo a MEK1/2, o que também pode levar a uma diminuição da atividade do BAT9, partindo do princípio de que o BAT9 é um alvo a jusante desta via. O produto químico SP600125, que tem como alvo a quinase c-Jun N-terminal (JNK), pode levar à inibição do BAT9 se a sinalização JNK modular a sua função. Além disso, o SB203580, um inibidor da p38 MAP quinase, pode impedir a atividade do BAT9 ao interferir com os mecanismos reguladores mediados pela p38 MAPK, presumindo-se que o BAT9 esteja envolvido nessas cascatas de sinalização.
Continuando com o tema da inibição da cinase, a PP2, que tem como alvo a família de cinases Src, pode levar à inibição funcional do BAT9 se as cinases Src regularem a sua atividade. O imatinib, ao inibir o BCR-ABL e outras cinases, pode afetar a atividade do BAT9 quando estas cinases fazem parte das vias de sinalização que regulam o BAT9. O sorafenib, um inibidor da quinase RAF, também pode diminuir a atividade da BAT9 como parte da cascata da via MAPK/ERK, que envolve frequentemente as cinases RAF. O sunitinib, ao inibir os receptores tirosina-quinases como o VEGFR, pode alterar as vias de sinalização que regulam a BAT9, resultando na sua inibição funcional. O dasatinib, com a sua inibição de tirosina quinase de largo espetro, pode impedir a ativação de cinases que são reguladores a montante do BAT9. Por último, o gefitinib, um inibidor da tirosina quinase do EGFR, pode reduzir a atividade do BAT9 através da inibição do EGFR e das vias de sinalização subsequentes que normalmente envolveriam o BAT9. Cada um destes inibidores afecta o estado funcional do BAT9, impedindo a atividade das cinases que são críticas para as vias de sinalização que regulam a função do BAT9.
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