Os inibidores da Arylsulfatase J são um conjunto diversificado de compostos químicos que impedem a capacidade da enzima de hidrolisar ésteres de sulfato, que é uma função crítica em vários processos biológicos. Agentes oxidantes como o clorato de sódio podem inativar a enzima modificando o resíduo crítico de cisteína no seu sítio ativo, enquanto compostos como a heparina e a suramina se ligam diretamente à arilsulfatase J, obstruindo o acesso ao substrato e induzindo alterações conformacionais que diminuem a atividade enzimática. O Fluoreto de Fenilmetilsulfonilo e a 1,8-Dihidroxiantraquinona inibem a enzima através da modificação covalente ou da intercalação no seu sítio ativo, respetivamente, o que impede a ligação do substrato e diminui a função catalítica da Arilsulfatase J.
Para perturbar ainda mais a atividade da Arilsulfatase J, existem compostos que afectam a enzima indiretamente; por exemplo, a varfarina, ao inibir a vitamina K epóxido redutase, pode levar à acumulação de substratos de sulfatase, reduzindo assim a eficiência da Arilsulfatase J. O sulfato de cobre e o acetato de chumbo interferem na estrutura da enzima e na ligação do cofator metálico, causando desnaturação e perda de atividade. O molibdato compete com os substratos naturais da enzima como um análogo do sulfato, enquanto o dissulfiram modifica os resíduos de cisteína essenciais para a sua atividade. A cloroquina altera o pH lisossómico, prejudicando o ambiente ácido necessário para a arilsulfatase J, e o metotrexato leva a uma diminuição da síntese de macromoléculas, o que pode afetar a estabilidade e a função da enzima. Coletivamente, estes inibidores utilizam uma série de mecanismos para diminuir eficazmente a atividade funcional da Arilsulfatase J.
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