Os inibidores químicos do ANKRD46 podem impedir a sua função através de várias vias intracelulares. O H-89 tem como alvo a proteína quinase A (PKA), uma quinase que pode fosforilar o ANKRD46, modificando a sua atividade. Ao inibir a PKA, o H-89 pode impedir qualquer potencial ativação do ANKRD46 mediada pela PKA. Do mesmo modo, o GF-109203X, um inibidor da proteína quinase C (PKC), e o Go6983, que tem como alvo mais amplo as isoformas da PKC, podem perturbar o estado de fosforilação do ANKRD46, partindo do princípio de que é um substrato da PKC, o que leva a uma redução da sua atividade funcional. O Y-27632, que inibe a proteína cinase associada à Rho (ROCK), e o ML-7, que tem como alvo a cinase da cadeia leve da miosina (MLCK), podem influenciar indiretamente a atividade do ANKRD46, alterando a dinâmica do citoesqueleto e a arquitetura celular, o que pode ser fundamental para o papel do ANKRD46 na célula.
Além disso, o LY294002 e a Wortmannin, ambos inibidores da fosfatidilinositol 3-quinase (PI3K), podem diminuir a sinalização AKT, que poderá estar a montante do ANKRD46. Ao diminuir a atividade da PI3K, estes inibidores reduzem indiretamente a fosforilação e a subsequente ativação de alvos a jusante, incluindo potencialmente o ANKRD46. O U73122 inibe a fosfolipase C, o que poderia levar a uma diminuição dos níveis de cálcio intracelular, afectando o ANKRD46 se a sua atividade for dependente do cálcio. No domínio da modulação da via MAPK, o PD98059 e o SB203580, que inibem a MEK e a p38 MAPK, respetivamente, podem reduzir a fosforilação e a ativação do ANKRD46 se este for influenciado por estas cinases. O SP600125 inibe a quinase JNK, o que poderia igualmente levar a uma redução da atividade do ANKRD46 se a fosforilação da JNK for necessária para a sua função. Por último, a rapamicina inibe o alvo mamífero da rapamicina (mTOR), um regulador central do crescimento e do metabolismo celular, diminuindo assim potencialmente a atividade funcional do ANKRD46 se este estiver envolvido em vias associadas à sinalização mTOR.
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