O ácido retinóico exerce os seus efeitos ligando-se aos receptores de ácido retinóico, alterando a expressão genética e aumentando potencialmente a síntese proteica. Simultaneamente, a 5-azacitidina actua como um inibidor da DNA metiltransferase, promovendo a desmetilação dos genes e a subsequente regulação positiva da expressão genética. A tricostatina A e o butirato de sódio, ambos inibidores da histona desacetilase, induzem a remodelação da cromatina para facilitar a ativação transcricional de vários genes. No eixo de sinalização do TGF-β, o SB 431542 inibe especificamente o recetor de tipo I ALK5, alterando a sinalização SMAD a jusante e, consequentemente, modulando os padrões de expressão genética. Da mesma forma, a via PI3K/AKT, um nó crítico na sinalização celular, é alvo do LY294002, que pode levar a alterações na expressão proteica através da sua ação inibitória sobre a PI3K. O PD98059, um inibidor específico da MEK, afecta a via MAPK/ERK, influenciando ainda mais os mecanismos reguladores da expressão proteica.
A rapamicina, um inibidor da mTOR, desempenha um papel fundamental no controlo da síntese proteica, exercendo assim uma ampla influência nos níveis proteicos celulares. Na mesma linha de reforço da sinalização intracelular, a forskolina aumenta os níveis de AMPc, um mensageiro secundário com diversos efeitos nos processos celulares, incluindo a expressão proteica. O estado metabólico celular é também um fator-chave na modulação da atividade proteica, com a 2-Deoxi-D-glicose a inibir a glicólise e, assim, a ter um impacto potencial no equilíbrio energético celular e na função proteica. A estabilidade das proteínas é de igual importância, sendo que o MG132, um inibidor do proteassoma, e a cloroquina, um inibidor da degradação lisossómica, actuam para evitar a degradação das proteínas no interior da célula. Ao inibir estas vias de degradação, contribuem para o aumento da abundância de proteínas celulares.
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