Os activadores químicos da fosfatase alcalina 3 intestinal, que não necessitam de Mn, incluem uma variedade de compostos que se ligam à enzima para aumentar a sua atividade catalítica. O cloreto de magnésio e o cloreto de zinco são particularmente importantes, uma vez que fornecem iões essenciais que servem de cofactores para a enzima. Os iões de magnésio são essenciais para a integridade estrutural e a função de muitas enzimas, incluindo a fosfatase alcalina 3, facilitando a dobragem adequada e, por conseguinte, a conformação ativa. Os iões de zinco, por outro lado, estão diretamente envolvidos na catálise da enzima, indicando que o seu papel não é apenas estrutural, mas também funcional no local ativo da enzima. O fosfato de sódio fornece os grupos fosfato necessários que são os substratos para esta enzima, permitindo a sua atividade de fosfatase, que é a remoção de grupos fosfato de várias moléculas.
Além disso, sabe-se que uma gama de aminoácidos como a L-fenilalanina, a L-homoarginina, a L-leucina, a L-lisina, a L-arginina, a L-serina, o ácido L-aspártico e o ácido L-glutâmico estimulam a atividade da fosfatase alcalina 3. Estes aminoácidos podem interagir com a enzima de diferentes formas para melhorar a sua função. Alguns podem atuar como estabilizadores moleculares, contribuindo para a manutenção de uma conformação mais favorável à atividade da enzima. Outros podem atuar como efectores alostéricos positivos, ligando-se a locais que não o local ativo para induzir uma alteração conformacional que resulta num aumento da eficiência catalítica. O inositol hexafosfato é outro ativador, funcionando como substrato para a fosfatase alcalina 3, participando assim diretamente na sua ação enzimática. Em conjunto, estes produtos químicos interagem com a enzima, potenciando as suas vias bioquímicas naturais para reforçar a sua atividade de fosfatase.
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