Os inibidores químicos da acil-CoA tioesterase 10 podem modular a atividade da enzima, afectando a disponibilidade dos seus substratos ou alterando o ambiente da enzima de uma forma que afecta a sua função. A triacsina C, por exemplo, tem como alvo a via de biossíntese do acil-CoA, inibindo a acil-CoA sintetase de cadeia longa. Esta ação diminui o conjunto de moléculas de acil-CoA, reduzindo assim a disponibilidade dos substratos necessários para que a acil-CoA tioesterase 10 funcione eficazmente. Do mesmo modo, a Perhexilina, o Etomoxir e a Oxfenicina obstruem a carnitina palmitoiltransferase-1 (CPT-1), um transportador-chave de ácidos gordos de cadeia longa para a mitocôndria para a β-oxidação. Estes inibidores conduzem a uma acumulação de acil-CoAs de cadeia longa, que podem saturar a acil-CoA tioesterase 10 até ao ponto de inibição do substrato, impedindo a sua atividade catalítica.
Outros compostos, como o malonil-CoA, interferem com a CPT-1 e resultam numa perturbação da relação normal entre acil-CoA e CoA, que pode inibir a atividade da acil-CoA tioesterase 10 devido a um desequilíbrio na concentração do substrato. O mildronato reduz a síntese de carnitina, afectando assim o transporte de ácidos gordos para a mitocôndria e limitando os substratos disponíveis para a acil-CoA tioesterase 10, o que leva a uma inibição indireta da enzima. O AICAR, ao ativar a proteína quinase activada por AMP, pode aumentar a oxidação dos ácidos gordos, esgotando os substratos da acil-CoA tioesterase 10 e dificultando a sua função. O rimonabant e o ácido nicotínico influenciam as vias metabólicas que levam a uma redução da síntese ou da disponibilidade de ácidos gordos livres e dos seus derivados acil-CoA correspondentes, limitando assim o substrato para a enzima. A guggulsterona regula o metabolismo lipídico, podendo diminuir a síntese de moléculas de acil-CoA e, consequentemente, inibir a acil-CoA tioesterase 10. Por último, o fenofibrato e a curcumina podem também modular a atividade da acil-CoA tioesterase 10, afectando a β-oxidação dos ácidos gordos e alterando o metabolismo lipídico, respetivamente, o que pode levar a uma redução do conjunto de moléculas de acil-CoA sobre as quais a enzima pode atuar.
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