Os inibidores químicos de Bclaf1 e Thrap3 incluem uma gama de compostos que visam várias vias de sinalização e processos celulares. A estafurosporina actua como um potente inibidor da proteína cinase, obstruindo assim os eventos de fosforilação que são críticos para a atividade funcional de Bclaf1 e Thrap3. Ao bloquear estes eventos de fosforilação, a Staurosporina pode inibir a ativação e as acções subsequentes destas proteínas. Do mesmo modo, a alsterpaulona actua sobre as cinases dependentes da ciclina (CDK), que são essenciais para a progressão do ciclo celular. Dado que a Bclaf1 e a Thrap3 têm papéis na regulação do ciclo celular, a inibição das CDKs pela Alsterpaullone pode perturbar as funções destas proteínas relacionadas com o ciclo celular.
Os inibidores da MEK U0126 e PD98059 têm como alvo as enzimas MEK1/2, o que leva a uma supressão da via de sinalização ERK. A via ERK está implicada na regulação de factores de transcrição que podem interagir com Bclaf1 e Thrap3, pelo que a inibição por U0126 e PD98059 pode perturbar estas interacções, levando a uma inibição funcional de Bclaf1 e Thrap3. O LY294002 e a Wortmannin inibem a via de sinalização PI3K/Akt, que é conhecida por participar numa variedade de processos celulares, incluindo aqueles em que o Bclaf1 e o Thrap3 estão envolvidos. Ao inibir a sinalização PI3K/Akt, estes produtos químicos podem inibir as funções de Bclaf1 e Thrap3 associadas a esta via. O SB203580 e o SP600125 visam especificamente a p38 MAP quinase e a JNK, respetivamente. Estas cinases fazem parte da via de sinalização MAPK, que é conhecida por regular factores de transcrição e outras proteínas que podem interagir com Bclaf1 e Thrap3, levando à inibição da sua atividade. A rapamicina inibe diretamente a mTOR, que é crucial para a tradução dependente da capa, e esta inibição pode afetar a síntese proteica dos parceiros de interação de Bclaf1 e Thrap3, levando a uma inibição das suas funções. Por último, a 5-Azacitidina e os inibidores da histona desacetilase, como a Tricostatina A e a Apicidina, têm como alvo os modificadores epigenéticos. Ao inibirem as metiltransferases do ADN e as histonas desacetilases, estes produtos químicos podem alterar a estrutura da cromatina e os perfis de expressão genética, afectando os factores de transcrição ou os cofactores essenciais para as actividades do Bclaf1 e do Thrap3, inibindo assim a sua função.
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