Os inibidores químicos da proteína 300 associada aos cílios e aos flagelos actuam através de vários mecanismos para impedir a sua função nas estruturas ciliares e flagelares. A niclosamida pode inibir a via de sinalização Wnt/β-catenina, que é essencial para a montagem adequada dos componentes ciliares, afectando assim o funcionamento da proteína 300 associada aos cílios e aos flagelos. Da mesma forma, a roscovitina, por ser um inibidor da quinase dependente da ciclina, pode interromper a progressão do ciclo celular, que é vital para a ciliogénese, que por sua vez é crucial para o funcionamento adequado dos cílios e da proteína 300 associada aos flagelos. A citocalasina D perturba a organização dos filamentos de actina, que são necessários para a integridade estrutural e o movimento dos cílios. Esta perturbação pode levar a uma inibição das funções tipicamente facilitadas pelos cílios e pela proteína 300 associada aos flagelos. A Ciliobrevina A tem como alvo a proteína motora dineína, levando a uma inibição da função da dineína que pode comprometer o papel dos cílios e da proteína 300 associada aos flagelos, uma vez que a dineína é fundamental para o batimento ciliar e o transporte intraflagelar.
Além disso, a hidroxiureia impede a síntese de ADN ao inibir a ribonucleótido redutase, o que afecta o início da ciliogénese durante a fase G1 do ciclo celular, inibindo assim potencialmente a montagem e a função dos cílios e da proteína 300 associada aos flagelos. O hidrato de cloral afecta a polimerização dos microtúbulos, estruturas essenciais para a formação dos cílios e dos flagelos, podendo assim inibir a formação e a função da proteína 300 associada aos cílios e aos flagelos. A colchicina e a podofilotoxina ligam-se ambas à tubulina, mas enquanto a colchicina impede a sua polimerização, a podofilotoxina inibe a montagem dos microtúbulos, resultando ambas em perturbações da função ciliar. O taxol, por outro lado, estabiliza os microtúbulos, o que pode perturbar a dinâmica normal dos microtúbulos e, consequentemente, afetar o comprimento e a função ciliar, inibindo assim o papel dos cílios e da proteína 300 associada aos flagelos. A griseofulvina também se liga à tubulina, inibindo a sua polimerização e, por conseguinte, a montagem ciliar e a função que envolve os cílios e a proteína 300 associada aos flagelos. Por último, um antagonista da ocitocina pode inibir a sinalização do recetor de ocitocina, que é conhecido por regular a frequência do batimento ciliar, afectando assim a função dos cílios e da proteína 300 associada aos flagelos.
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