NDST4의 화학적 억제제는 다양한 메커니즘을 통해 설포트랜스퍼라제 활성을 저해합니다. 수라민은 NDST4가 촉매하는 황화 과정에 중요한 성장 인자 수용체와 효소 활성을 방해하는 방식으로 작용합니다. 성장인자 수용체가 억제되면 NDST4의 설포트랜스퍼라제 활성이 손상되어 기능적 생산량이 감소합니다. 염산염은 황산염 흡수의 경쟁자로 작용하여 NDST4 활성에 필수적인 황산염 공여자 PAPS의 가용성을 제한하며, 이러한 경쟁 억제는 효소의 황산화 능력 감소로 이어집니다. 메틸티오우라실은 갑상선 호르몬 합성에 작용하여 전신 황산화 능력을 감소시켜 NDST4 활동을 위한 황산염 풀의 가용성을 제한할 수 있습니다. 비스페놀 A는 설포트랜스퍼라제 효소의 활성 부위에 직접 결합하여 설포트랜스퍼라제 활성을 방해하여 잠재적으로 NDST4의 촉매 과정에 직접적인 간섭을 일으킬 수 있습니다.
이러한 억제제 외에도 퀘르세틴과 트리클로산과 같은 화합물은 각각 PAPS와 경쟁하거나 효소의 구조를 변경하여 NDST4의 효소 기능을 방해함으로써 억제 효과를 나타냅니다. 엘라그산과 펜타클로로페놀은 또한 효소의 활성 부위 또는 중요 영역에 결합하여 NDST4의 설포트랜스퍼라제 활성을 감소시키는 것으로 알려져 있습니다. 마찬가지로 클로르프로마진과 데시프라민은 효소의 형태를 변경하거나 활성 부위와 상호 작용하여 NDST4를 억제할 수 있습니다. 미코나졸은 주로 시토크롬 P450 효소의 억제제로 알려져 있지만, 효소의 활성 부위와 결합하여 NDST4를 포함한 설포트랜스퍼라제 효소를 억제하는 것으로 밝혀졌습니다. 마지막으로 케토코나졸은 시토크롬 P450 효소를 억제함으로써 황산화 과정에 간접적으로 영향을 미쳐 NDST4의 활성에 영향을 줄 수 있습니다. 이러한 억제제의 집단적인 작용은 황산염기를 기질로 옮기는 NDST4의 능력을 크게 감소시킵니다.