HDA4의 화학적 억제제는 유전자 발현 조절에 중요한 과정인 히스톤 단백질에서 아세틸기를 제거하는 효소의 능력을 표적으로 합니다. 트리코스타틴 A, 보리노스타트, 파노비노스타트는 탈아세틸화 효소 활동에 필요한 HDA4의 활성 부위에 결합하여 작용합니다. 이러한 결합은 효소가 더 이상 이러한 작용기를 효과적으로 제거할 수 없기 때문에 아세틸화된 히스톤의 수준을 증가시킵니다. 로마뎁신은 유사한 메커니즘을 통해 작동하지만 효소의 활성에 필수적인 HDA4의 활성 부위 내에서 아연 이온을 킬레이트화하는 순환 펩타이드로서 작용합니다. 벨리노스타트와 엔티노스타트도 활성 부위에 결합하여 HDA4를 억제하지만, 선택성이 뛰어나 효소의 기능을 억제하는 데 있어 보다 표적화된 접근이 가능하다는 점에서 주목할 만합니다.
치다마이드는 벤즈아미드 구조가 특징인데, 이 구조는 HDA4의 촉매 도메인과 상호작용하여 효소를 억제합니다. 마찬가지로 단쇄 지방산인 발프로산은 HDA4의 촉매 활성을 방해하여 히스톤에 아세틸화가 축적되도록 합니다.HDA4의 화학적 억제제는 염색질 구조와 유전자 발현 조절에 필수적인 탈아세틸화 효소의 기능을 방해합니다. 예를 들어, 트리코스타틴 A는 히스톤 탈아세틸화를 방지하여 HDA4를 억제하여 염색질 구조를 더 개방적으로 만듭니다. 보리노스타트와 파노비노스타트 역시 HDA4의 억제제로, 효소의 활성 부위에 결합하여 효소의 기능을 방해할 수 있습니다. 이러한 억제제는 아세틸화된 히스톤의 축적을 초래하여 HDA4에 의해 조절되는 유전자의 발현에 영향을 줄 수 있습니다. 고리형 펩타이드인 로마뎁신은 탈아세틸화 효소 활성에 필수적인 HDA4의 활성 부위에서 아연 이온을 킬레이트화하여 효소의 기능을 억제하는 메커니즘을 통해 작용합니다.
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