BLOS3 억제제는 리소좀 소기관의 기능이나 생물 생성에 간접적으로 영향을 미치는 것으로 알려진 화학 물질로, 이러한 과정에서 BLOS3의 역할을 고려할 때 매우 중요한 역할을 합니다. 이러한 화합물이 영향을 미치는 주요 방법 중 하나는 리소좀의 효소 기능에 중요한 리소좀 내 pH를 조절하는 것입니다. 예를 들어 클로로퀸과 하이드록시클로로퀸은 리소좀 내 pH를 상승시켜 리소좀 생성과 관련된 BLOS3와 같은 단백질에 영향을 주는 리소좀 이동성 약제입니다. 마찬가지로, 바필로마이신 A1 및 콘카나마이신 A와 같은 화합물은 리소좀 루멘의 산성화를 억제하여 액포 H+-ATPase를 방해합니다.
단백질 분해에서 리소좀의 역할도 억제제의 표적이 됩니다. 류펩틴, 펩스타틴 A, E64d는 리소좀 단백질 분해 과정을 방해하는 프로테아제 억제제로, 리소좀 기능이나 생체 생성에 관여하는 단백질에 영향을 미칠 수 있습니다. 또한 자가포식 및 리소좀 과정에 중요한 포스파티딜이노시톨 3-키나아제(PI3K) 경로는 3-메틸아데닌(3-MA), 워트마닌, LY294002와 같은 화합물에 의해 억제됩니다. 이러한 화합물은 자가포식을 방해함으로써 리소좀 생성과 BLOS3와 같은 단백질에 간접적으로 영향을 미칠 수 있습니다.
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