マラリア原虫はマラリアの原因となる原虫である。マラリア原虫は、マラリアに対する有効なワクチンを開発する上で大きな問題となりうる、かなりの抗原的不均一性を示す。マラリア原虫のS抗原は非常に多様で熱に安定なタンパク質であり、成熟した無性赤血球内寄生虫の寄生孔液胞に存在する。S抗原遺伝子は、同じ染色体部位に由来する複数の対立遺伝子から構成されている。各対立遺伝子のアミノ酸配列は、各対立遺伝子に特異的な、タンデムに配列したほぼ同一のペプチドの大きな中央部分を含んでいる。したがって、特定の対立遺伝子の反復領域に対する抗体を用いて、S抗原の血清型を決定することができる。中央の反復ブロックを挟む2つの非反復配列の短い領域は4つの異なる形で存在し、それぞれが1つのS抗原ファミリーを定義するのに利用される。4つのS-抗原ファミリーを比較すると、C-末端フランキング領域で最も顕著な変異があり、互いにかなり異なっていることがわかる。
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