CD4+ヘルパーT細胞に提示される運命にある主要組織適合性複合体(MHC)クラスII分子は、2つの重要な出来事によって決定される。これらのイベントには、MHC分子HLA-DMと-DOの活性によるクラスII関連不変鎖ペプチド(CLIP)のmhc ii-a/b二量体の抗原結合溝からの解離と、それに続くペプチド抗原結合が含まれる。HLA-DM,-DO分子はエンドソーム/リソソームコンパートメントとB細胞表面に蓄積し、ペプチド交換に有利なコンフォメーションを維持することにより、CLIPの解離とそれに続く外来ペプチドのHLAクラスII分子(HLA-DR, DQ, DP, DR)への結合を制御する。関節リウマチ(RA)患者のHLA-DM遺伝子のRFLP解析から、ある種の多型がRA感受性の遺伝的要因であることが示唆されている。HLA-DQ1クラスII分子(Ia抗原)複合体の一本鎖はペプチドと結合し、CD4+ Tリンパ球に提示することができる。
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