DBR1 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-407375

Panoramica

DBR1 codifica l’enzima 1 di debranching dei lariat di RNA, una fosfodiesterasi conservata che idrolizza il legame fosfodiesterico 2′–5′ nei punti di ramificazione dei lariat intronici, linearizzando gli introni escissi per consentirne la degradazione. Questa attività collega DBR1 al processamento dell’RNA dipendente dallo spliceosoma, alle vie di decadimento degli introni e al mantenimento dell’omeostasi dell’RNA, che può influenzare i programmi di espressione genica. L’alterazione del debranching dei lariat può modificare l’equilibrio tra specie di RNA circolari e lineari e rimodellare la regolazione post-trascrizionale in contesti di stress e differenziamento. Di conseguenza, in letteratura la disfunzione di DBR1 è stata associata a fenotipi neurologici e a una maggiore suscettibilità virale, a supporto della sua rilevanza per studi meccanicistici del metabolismo dell’RNA in tipi cellulari pertinenti alla malattia.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO DBR1 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene DBR1 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del DBR1 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto DBR1 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina DBR1.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di DBR1 per lo studio della segnalazione di DBR1, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni DBR1 critici per la funzione di DBR1
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di DBR1 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal DBR1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal DBR1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus DBR1. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal DBR1 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR DBR1 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia DBR1 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio DBR1 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.