CTCF CRISPR Activationプラスミド (h): sc-401245-ACT

CTCF（CCCTC-binding factor）は、亜鉛フィンガー型のDNA結合タンパク質であり、エンハンサー―プロモーター間のコミュニケーション、転写の絶縁（インシュレーション）、および長距離ゲノムループ形成を協調的に制御する、クロマチン構造のマスター調節因子として機能します。トポロジカル会合ドメイン（TAD）を形成し、境界要素を制御することで、CTCFは遺伝子発現プログラム、複製タイミング、DNA損傷応答などの中核的プロセスに影響を与えます。CTCF依存的なゲノム構造の破綻は、広範な転写制御異常とゲノム不安定性に関連しており、これらは発達障害やがん関連のクロマチン再編成の文脈でしばしば研究される特徴です。3Dゲノム構造の中心的なオーガナイザーとして、CTCFはエピジェネティック制御、系譜決定、プロモーター―エンハンサー制御の作用機序研究で広く用いられています。

CTCF CRISPR活性化プラスミド（h）は、基盤となるDNA配列を変更することなく、内因性CTCFの発現を標的化し、非破壊的にアップレギュレートするアプローチを提供します。

CTCF CRISPR 活性化プラスミド (h) は、ヒト細胞株における CTCF 遺伝子座の高効率かつ部位特異的な転写アップレギュレーションのために設計された、3 つのプラスミドからなる相乗的活性化メディエーター (SAM) システムです。このシステムは、DNA結合能を維持しつつヌクレアーゼ活性を失わせる2つの不活性化変異（D10AおよびN863A）を有する、触媒活性のないCas9（dCas9）を中核としています。このdCas9は、強力な転写活性化因子であるVP64と融合しており、選別用のブラスティシジン耐性遺伝子と共に共発現します。2番目のプラスミドは、dCas9-VP64と協調して機能する二次活性化複合体であるMS2-p65-HSF1融合タンパク質をコードしており、ヒグロマイシン耐性遺伝子と共に発現する。3番目のプラスミドは、標的特異的な20塩基対のsgRNAをコードしており、これはMS2-p65-HSF1複合体を活性化部位に誘導する2つのMS2 RNAアプタマーと融合しており、さらにピューロマイシン耐性遺伝子が付随している。これら3つのプラスミドは、システム構成要素すべてが均等に発現するよう、質量比1:1:1で導入される。

標的遺伝子座に集合すると、SAM複合体はCTCF転写開始点の上流約200 bpの領域に結合し、そこでVP64、p65、およびHSF1が協調して転写装置を動員し、内因性CTCFの発現上昇を促進する。ヌクレアーゼ活性を持つCas9とは異なり、 dCas9は二本鎖切断を導入したりゲノム配列を改変したりしないため、天然のCTCF遺伝子座が保持され、内因性遺伝子座におけるCTCF依存性の転写応答の研究が可能となります。これにより、機能解析、標的遺伝子の同定、およびCTCF発現が沈黙または低下した腫瘍細胞におけるCTCF経路の回復のモデル化を行う上で、貴重なツールとなります。

研究用のみ。診断用または治療用ではありません。