ZNF398の化学的阻害剤は、転写調節におけるタンパク質の役割にとって重要な、様々なシグナル伝達経路や酵素活性を阻害することによって機能する。CDK4/6阻害剤であるパルボシクリブは、レチノブラストーマタンパク質を低リン酸化状態に維持することができ、pRb経路とZNF398機能との間の潜在的な制御相互作用により、ZNF398活性に影響を及ぼす可能性がある。同様に、U0126やPD98059のようなMEK阻害剤は、ERK活性を低下させる可能性があり、その結果、ERKを介するシグナル伝達によってタンパク質の機能が影響を受ける可能性があるため、ZNF398活性に対する下流の影響を阻害する可能性がある。もう一つのキナーゼ阻害剤LY294002は、PI3K/ACT経路を標的とする。この経路を阻害することにより、LY294002はZNF398の活性に必要なシグナル伝達を阻害することができる。PI3K/ACT経路は、転写因子を制御するものを含む様々な細胞内プロセスにおいて役割を果たしているからである。FKBP12に結合してmTORを阻害するラパマイシンは、mTORがタンパク質合成や他のプロセスの調節に関与していることを考えると、ZNF398の機能に必要な細胞環境を変化させることができる。
他の化学的阻害剤は、ZNF398に影響を与えうる細胞内シグナル伝達の異なる側面を標的としている。SP600125は、JNKを阻害することにより、ZNF398がその機能を発揮するのに必要な下流の転写イベントを阻害することができる。p38 MAPキナーゼ阻害剤であるSB203580もまた、ZNF398の活性に必要な下流の標的の活性化を妨げることができる。LY294002と同様のもう一つのPI3K阻害剤であるWortmanninは、ZNF398の機能に必要なシグナル伝達を阻害することができる。プロテアソーム阻害剤であるMG132は、ZNF398の阻害剤あるいは抑制剤として働く可能性のあるタンパク質のレベルを上昇させる可能性がある。幅広いキナーゼ阻害作用を持つスタウロスポリンは、ZNF398の活性に必要なリン酸化を防ぐことができる。最後に、CaMKIIの阻害剤であるKN-93は、ZNF398の活性化に必要と思われるカルシウムシグナル伝達経路を破壊することができる。
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