ZNF101の化学的阻害剤は、タンパク質の機能活性に重要なシグナル伝達経路や細胞プロセスを標的とすることにより、様々なメカニズムで阻害作用を発揮することができる。例えば、ChelerythrineとGF109203XはともにプロテインキナーゼC阻害剤であり、ZNF101が相互作用するタンパク質のリン酸化を低下させる。リン酸化はしばしばタンパク質の相互作用や局在を制御するため、この結果、ZNF101のDNA結合活性が低下する。同様に、PD 98059とU0126はMEK1/2を特異的に阻害し、ERK1/2シグナル伝達を抑制する。ERK1/2は様々なジンクフィンガータンパク質の制御に関与しているので、下流の効果としては、リン酸化の阻害とそれに続く活性化によるZNF101活性の低下が挙げられる。LY294002とWortmanninはホスホイノシチド3-キナーゼ(PI3K)阻害剤であり、Aktシグナル伝達を減少させる。転写因子を調節するAktの役割は、その阻害がZNF101の転写活性化能力を低下させる可能性を示唆している。
これらに加えて、SP600125とSB203580は、それぞれJNKとp38 MAPキナーゼ経路を標的とする。これらのキナーゼを阻害することにより、化学阻害剤はZNF101の転写装置との相互作用や効果的なDNA結合能力を損なうことができる。Y-27632はROCK阻害剤として、制御分子の核-細胞質シャトリングに影響を与える細胞骨格ダイナミクスを変化させ、ZNF101のDNA結合活性を低下させる可能性がある。ラパマイシンはPI3K/Akt経路の一部であるmTORを阻害し、そうすることでZNF101の機能に必要な共同調節因子の利用可能性を制限する可能性がある。アピゲニンはCK2を標的とする。CK2は酵素であり、阻害されるとZNF101を共同制御あるいは修飾するタンパク質のリン酸化状態に影響を与え、ZNF101の活性を低下させる。最後に、トリプトライドは、ZNF101の転写因子活性が依存するRNAポリメラーゼII機構に影響を与えることによって転写活性を阻害し、ZNF101が制御するように設計された転写プロセスを阻害することによってZNF101の機能を阻害する。
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