ZFP3阻害剤には、トリコスタチンAや5-アザシチジンなどのエピジェネティック・モジュレーターが含まれ、転写様式を変化させ、ZFP3の発現レベルを変化させる。ヒストンのアセチル化状態やDNAのメチル化状態を変化させることにより、これらの阻害剤は間接的に細胞内でのZFP3の利用可能性と活性を制御することができる。別の面では、mTOR、MEK、PI3K、JNK、p38 MAPキナーゼのような主要なシグナル伝達分子を標的とする阻害剤は、ZFP3の制御機能と交差する可能性のある経路に作用することで、ZFP3の間接的なモジュレーターとして機能する。U0126やPD98059でMAPK/ERK経路を、LY294002やWortmanninでPI3K/ACT経路を阻害することにより、これらの化学物質はZFP3を含む多数のタンパク質のリン酸化状態や活性を変化させる可能性がある。SP600125とSB203580がそれぞれ影響を及ぼすJNKとp38 MAPK経路は、様々なストレス刺激に対する細胞応答において重要であり、これらの経路の変化がZFP3活性の変化につながる可能性がある。
プロテオスタシスは、ZFP3活性が間接的に調節されうるもう一つの領域である。例えばボルテゾミブはプロテアソームを阻害し、ZFP3を含む多くのタンパク質の分解を阻害し、細胞内の定常状態に影響を与える可能性がある。ナットリン-3は、p53を安定化させることにより、一連の遺伝子の転写に影響を与え、ZFP3がp53の転写標的の一つであれば、その発現を変化させる可能性がある。最後に、シクロパミンがヘッジホッグシグナル伝達経路に作用することで、この発生経路とZFP3の機能に関連がある場合、ZFP3を間接的に阻害することができる。
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