TRIM9の化学的阻害剤は、神経細胞内での活性に不可欠な様々な経路や酵素を標的とすることで、タンパク質の機能を調節することができる。アルスターパウロンとケンパウロンは、細胞周期の進行に重要な役割を果たすサイクリン依存性キナーゼ(CDK)の阻害剤として機能する。TRIM9は神経発生と脳の発達に関連しており、その過程は本質的に細胞周期の制御と結びついているため、これらの化学物質によるCDKの阻害はTRIM9の機能阻害をもたらす可能性がある。同様に、Indirubin-3'-monoxime、Paullone、Roscovitine、Purvalanol AもCDK阻害剤であり、神経細胞におけるTRIM9の細胞周期関連機能を阻害する可能性がある。CDK以外にも、ケンパウロンとインジルビン-3'-モノオキシムは、神経発達経路に関与する酵素であるグリコーゲン合成酵素キナーゼ3(GSK-3)を標的としており、これらの過程におけるTRIM9の役割をさらに阻害する可能性がある。
さらに、Y-27632のような化学物質は、アクチン細胞骨格形成に不可欠なRho-associated, coiled-coil containing protein kinase(ROCK)を標的とする。TRIM9は細胞骨格ダイナミクスを調節することが知られているので、Y-27632によるROCKの阻害は、TRIM9が通常調節に役立っているアクチン構造を安定化させ、その機能阻害につながる可能性がある。一方、タプシガルギンは、小胞体/小胞体Ca2+-ATPase(SERCA)を阻害することによってカルシウムのホメオスタシスを破壊し、TRIM9やその相互作用パートナーを分解するプロテアーゼを活性化する可能性がある。このことは、神経細胞の成長と発達におけるTRIM9の役割を機能的に阻害することにもつながる。さらに、c-Jun N末端キナーゼ(JNK)を阻害するSP600125とp38 MAPキナーゼを阻害するSB203580は、TRIM9が関与するシグナル伝達経路、特に神経炎症反応と神経細胞の生存に関連するシグナル伝達経路を破壊する可能性がある。PD98059は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼ(MEK)を阻害することにより、細胞外シグナル制御キナーゼ(ERK)経路を阻害することができ、これはシナプス可塑性と神経細胞伸長におけるTRIM9の活性に関係している。最後に、LY294002は、TRIM9が関与するシグナル伝達経路の一部であるホスホイノシチド3キナーゼ(PI3K)を阻害するため、神経細胞のシグナル伝達カスケードにおけるTRIM9の機能的役割に影響を及ぼす。
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