TRIM64Cの化学的阻害剤は、TRIM64Cが作用するメカニズムを標的とすることで、様々なタンパク質分解経路におけるTRIM64Cの役割を阻害する。MG132、Lactacystin、Bortezomib、Epoxomicinはすべて、プロテアソームに直接作用する阻害剤である。プロテアソームは、TRIM64Cが関与するプロセスであるユビキチン化によって、破壊のためにタグ付けされたタンパク質の分解を担う複合体である。MG132はプロテアソームを可逆的に阻害するペプチドアルデヒドで、ラクタシスチンはプロテアソームの触媒サブユニットに不可逆的に結合し、より永続的に阻害する。ジペプチドボロン酸であるボルテゾミブは26Sプロテアソームを特異的に標的とし、エポキソミシンはプロテアソームのキモトリプシン様活性を選択的に阻害する。これらの阻害剤はそれぞれ、TRIM64Cが分解のためにマークしたタンパク質の蓄積をもたらし、プロテアソーム分解経路におけるTRIM64Cの機能を効果的に阻害する。
プロテアソーム阻害剤に加えて、他の化学物質もTRIM64Cが関与するタンパク質分解経路のさまざまな側面を標的としている。クロロキンとバフィロマイシンA1はともにリソソーム分解を阻害し、クロロキンはリソソーム内のpHを上昇させ、バフィロマイシンA1はリソソームの酸性化を担う液胞型H+-ATPase(V-ATPase)を阻害する。同様に、コンカナマイシンAもV-ATPaseを阻害する。E64とロイペプチンは、それぞれシステインプロテアーゼとセリンプロテアーゼの阻害剤として機能し、E64は不可逆的阻害剤であるため、TRIM64Cによるユビキチン化後のタンパク質の切断を阻害する可能性がある。3-メチルアデニンは、TRIM64Cでタグ化されたタンパク質の分解に利用できるオートファゴソームの形成を阻害することにより、オートファジーを阻害する。ALLN、すなわちカルパイン阻害剤Iは、TRIM64Cの基質の分解過程に関与すると考えられるカルパインプロテアーゼの機能を阻害する。最後に、Z-VAD-FMKは幅広いカスパーゼ阻害剤であり、アポトーシス中のタンパク質の分解に関与すると考えられる酵素であるカスパーゼの機能を阻害することができる。
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