TMTC2の化学的阻害剤は、TMTC2の機能が依存する細胞内カルシウム濃度やカルシウムシグナル伝達経路に影響を与えることによって、このタンパク質の活性を低下させる様々な戦略を用いることができる。例えば、塩化カルシウムは細胞内カルシウム濃度を上昇させ、過剰なカルシウムがTMTC2の活性停止を引き起こすと、TMTC2の阻害につながる。同様に、BAPTAはカルシウムキレーターとして作用して細胞内カルシウム濃度を低下させるため、TMTC2の機能がカルシウム結合を必要とする場合やカルシウム濃度によって制御される場合には、TMTC2を阻害する可能性がある。ルテニウムレッドと2-アミノエトキシジフェニルホウ酸塩(2-APB)は、それぞれカルシウムチャネルとIP3受容体を標的として、カルシウムの流入と内部貯蔵からの放出を制御し、カルシウム依存性のシグナル伝達カスケードの一部であれば、TMTC2を阻害する可能性がある。
直接的なカルシウム調節に加えて、いくつかの化学物質はカルシウムを介するシグナル伝達経路に重要な二次メッセンジャーや酵素を標的としている。Bisindolylmaleimide IとU73122は、それぞれプロテインキナーゼC(PKC)とホスホリパーゼCの活性を抑制するが、これらはカルシウムシグナル伝達の下流にあるタンパク質の活性化に重要である。TMTC2の活性がPKCを介したリン酸化に依存している場合、この酵素の阻害はTMTC2の機能を低下させる。TapsigarginとCyclopiazonic acidは小胞体/小胞体Ca2+ ATPase (SERCA)を阻害し、小胞体カルシウム貯蔵量の枯渇をもたらし、カルシウムホメオスタシスを破壊することによりTMTC2を阻害する可能性がある。ML-7は、ミオシン軽鎖キナーゼ(MLCK)を阻害することにより、その活性がMLCKによって制御される細胞骨格ダイナミクスと絡み合っているならば、TMTC2をダウンレギュレートする可能性がある。カルモジュリン阻害剤であるW-7もまた、カルモジュリン依存的制御機構を阻害することによってTMTC2を阻害することができる。最後に、SKF-96365とXestospongin Cは、それぞれ受容体を介したカルシウム侵入チャネルとIP3受容体を阻害するが、TMTC2の機能を制御する可能性のあるカルシウムシグナル伝達機構の重要な構成要素を阻害することによって、TMTC2を阻害する可能性をさらに示している。
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