細胞膜環境と関連するシグナル伝達経路を調節することによってTMEM31の機能を標的とする阻害剤は、この膜貫通タンパク質を間接的に制御するメカニズムを提供する。例えば、エストロゲン受容体モジュレーターとして働く化合物は、脂質代謝や膜組成に影響を与え、それによってTMEM31が働く細胞環境に影響を与える。同様に、チロシンキナーゼシグナル伝達を阻害する薬剤は、TMEM31の適切な局在と機能にとって重要な細胞膜の動態を阻害する可能性がある。アクチン重合やERK/MAPK経路を標的とする阻害剤もまた、膜関連プロセスに下流で影響を及ぼし、TMEM31の機能的状況を変化させる可能性がある。
さらに、PI3K、中性スフィンゴミエリナーゼ、ファルネシルトランスフェラーゼ、HMG-CoAレダクターゼなどの酵素の特異的阻害剤は、細胞の脂質環境を変化させることにより、間接的にTMEM31に影響を与える。脂質ラフトの組成と構造を変化させることにより、これらの化合物はTMEM31の活性に必要な最適な膜結合を破壊する可能性がある。コレステロールと結合したり、ホスホリパーゼC酵素を阻害したりする阻害剤も、細胞膜の変化に寄与し、TMEM31の機能を間接的に阻害する可能性がある。プロテインキナーゼC阻害剤によって調節される膜関連タンパク質のリン酸化状態は、TMEM31の活性にさらに影響を与える。
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