膜貫通タンパク質であるTMEM31の機能活性は、様々な細胞内シグナル伝達経路と複雑に関連しており、その活性化は、これらの経路を調節する様々な化合物の影響を受ける。例えば、ある種の化合物は、アデニルシクラーゼを直接活性化することによって、あるいはcAMPの分解を阻害することによって、細胞内のサイクリックAMP(cAMP)レベルを上昇させ、それによってPKA依存性のリン酸化イベントを通してTMEM31の活性を促進する。さらに、TMEM31の活性は細胞内カルシウムレベルの変化によって調節される。カルシウムイオノフォアとして働く化学物質やSERCAポンプを阻害する化学物質は細胞質カルシウムを上昇させ、カルモジュリンなどのカルシウム感受性タンパク質との相互作用を通してTMEM31を活性化する。さらに、プロテインキナーゼCの活性を調節することは、直接的な活性化、あるいはその負の制御因子を阻害することによって、TMEM31のリン酸化につながり、細胞内シグナル伝達過程の一部としての活性を変化させる。
さらに、Na+/K+-ATPアーゼ阻害剤のように、細胞内のイオンバランスに影響を与える化合物も、カルシウム依存性経路を介したシグナル伝達を促進する変化を引き起こすことにより、間接的にTMEM31の活性化に寄与する可能性がある。また、cAMPレベルを上昇させるβアドレナリン作動薬や、PKAを活性化しTMEM31の活性化を促進するcAMPアナログなど、内因性のシグナル伝達分子の作用を模倣するものもある。さらに、L型カルシウムチャネルの活性化剤は、最終的にTMEM31の機能的活性を増加させる細胞内事象のカスケードを引き起こす。
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