Ssn6阻害剤は、酵母のTup1-Ssn6コ・リプレッサー複合体の活性に影響を与えることを主な目的としている。この複合体の重要な構成要素として、Ssn6は様々な遺伝子の制御に役割を果たしている。Ssn6を直接阻害することはあまり知られていないため、関連する経路やプロセスを調節する化合物に注目することになった。特に、トリコスタチンAや酪酸ナトリウムのようなヒストン脱アセチル化酵素阻害剤は、クロマチン構造を変化させ、Tup1-Ssn6複合体の結合や活性に影響を与える可能性がある。
さらに、DNAメチル化酵素阻害剤である5-アザシチジンは遺伝子発現に影響を与え、Ssn6の機能を調節する間接的な手段を提供する。酵母の代謝とシグナル伝達は複雑に絡み合っている。エルゴステロール合成に影響を与えるミコナゾールやフルコナゾールなどの化合物は、Tup1-Ssn6が制御するプロセスに間接的に影響を与える可能性がある。それぞれMG-132や3-メチルアデニンのようなプロテアソーム阻害剤やオートファジー阻害剤は、細胞の恒常性やタンパク質の相互作用を変化させ、Tup1-Ssn6複合体に影響を与える可能性がある。
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