SPNS3阻害剤のシクロスポリンAとBAPTA-AMはカルシウム関連のシグナル伝達を調節することができる。プロベネシドは代謝物の輸送を阻害し、ベラパミルはカルシウムチャネル活性に影響を及ぼす。ゲニステインのチロシンキナーゼ阻害作用とNF449のP2X受容体拮抗作用は、広範なシグナル伝達ネットワークを変化させる。ミコナゾールのチトクロームP450酵素に対する作用は脂質代謝に影響を与え、GW4869のスフィンゴミエリナーゼ阻害はスフィンゴ脂質シグナル伝達に影響を与える。ML-7のミオシン軽鎖キナーゼ阻害作用は細胞骨格機能に影響を与え、LY294002はPI3Kシグナル伝達経路を阻害する。PD98059はMAPKシグナル伝達に影響を及ぼし、W-7はカルモジュリン依存性のプロセスを破壊する。
これらの薬剤を総合すると、多様な化学的阻害剤が、様々な細胞成分や経路を標的とすることによって、タンパク質の活性に間接的に影響を与えることができることを示している。これらの経路の変化は、これらの経路に関連する、あるいはこれらの経路によって制御されるタンパク質の機能を調節することができる。これらの阻害剤の標的には、酵素、イオンチャネル、トランスポーター、レセプターなどが含まれ、タンパク質の機能を間接的に調節するために影響を及ぼしうる無数のプロセスを反映している。
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