SNAPC 45の化学的阻害剤は、転写におけるその役割に不可欠な重要なタンパク質相互作用やリン酸化事象を標的とすることで、様々な分子経路を通じてその機能を阻害することができる。例えば、スタウロスポリンは強力なキナーゼ阻害剤であり、キナーゼ依存性のリン酸化を阻害し、転写複合体内でのSNAPC 45の活性を停止させる可能性がある。同様に、H-7はプロテインキナーゼCがSNAPC45をリン酸化するのを阻害する。選択的キナーゼ阻害剤1-ナフチルPP1は、v-Srcやc-Fynのような主要なキナーゼを阻害することによってシグナル伝達経路を混乱させ、間接的にSNAPC 45の活性阻害につながる可能性がある。もう一つのプロテインキナーゼC阻害剤であるBisindolylmaleimide Iは、SNAPC 45のリン酸化を阻害し、転写開始過程におけるその機能を阻害する可能性がある。
さらに、プロテインキナーゼA阻害剤であるKT5720、ホスホイノシチド3キナーゼ阻害剤であるLY294002とWortmannin、MEK1/2阻害剤であるU0126はすべて、SNAPC 45の制御的役割に影響を与えると考えられるシグナル伝達経路を変化させることができる。それぞれp38 MAPキナーゼとc-Jun N-末端キナーゼの阻害剤であるSB203580とSP600125は、SNAPC 45の機能に必須と思われるシグナル伝達経路を阻害することができる。ML-7によるミオシン軽鎖キナーゼの阻害は細胞動態に影響を与え、その結果、転写装置内でのSNAPC 45の局在や機能に影響を与える可能性がある。最後に、Gö6983は広範なプロテインキナーゼC阻害剤として、SNAPC 45のリン酸化とそれに続く活性化を防ぐことができる。これらの化学物質はそれぞれ、SNAPC 45がその機能を発揮するのに必要な特定の細胞内メカニズムを標的としており、転写開始におけるタンパク質の活性を機能的に阻害する役割を果たしている。
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