SH2D3Aは多様な分子メカニズムを用いてこのタンパク質の活性を調節している。例えば、ホスファチジルセリンはSH2D3AのSH2ドメインと直接相互作用する。この領域はリン酸化チロシン残基との親和性で知られている。このドメインに結合することにより、ホスファチジルセリンはSH2D3Aの活性を高める。一方、Srcキナーゼ阻害剤-1は、Srcファミリーキナーゼを阻害することによって間接的に作用する。これらのキナーゼは通常、様々な基質をリン酸化する。阻害されると、SH2D3Aがリン酸化された好ましい基質とより自由に結合できるようになり、それによって活性が増幅される。同様に、上皮成長因子(EGF)は受容体チロシンキナーゼシグナル伝達経路を引き起こし、その結果、SH2D3Aが認識する標的タンパク質がリン酸化され、活性が増強される。インスリンは、それ自身の受容体シグナル伝達経路を通じて同等の効果を達成し、インスリン受容体基質のチロシンリン酸化を促進することによってSH2D3Aを活性化させる。
血小板由来成長因子BB(PDGF-BB)は、SH2D3Aと相互作用する関連タンパク質のチロシンリン酸化を誘導する。ゾレドロン酸は、その機序は異なるが、ファルネシルピロリン酸合成酵素を阻害し、SH2D3Aの基質を標的とするキナーゼの潜在的なリン酸供与体であるイソペンテニルピロリン酸の蓄積を引き起こすことによっても、SH2D3Aの活性化に寄与する。過酸化水素はより酸化的なアプローチで、タンパク質のシステイン残基を修飾し、SH2D3Aに関連するキナーゼやホスファターゼの制御活性に影響を与える。カリクリンAやオカダ酸のようなホスファターゼ阻害剤は、それぞれPP1やPP2Aを阻害することにより、SH2D3A関連タンパク質のリン酸化レベルを上昇させる。フォルスコリンは、cAMPレベルを上昇させることによりSH2D3Aを活性化し、その結果PKAが活性化され、SH2D3A相互作用を促進するリン酸化現象が起こる。最後に、レチノイン酸とLY294002は、それぞれ細胞分化とPI3キナーゼ活性を調節することによってSH2D3Aを活性化し、最終的にSH2D3Aの相互作用タンパク質のリン酸化状態を決定するキナーゼとホスファターゼのバランスを変化させる。
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