SerRSmt阻害剤は主に、ミトコンドリアの機能性またはエネルギー恒常性を乱すことによって作用し、それによってアミノアシル化におけるSerRSmtの役割に影響を及ぼす。AMPKであるAICARのような薬剤は、細胞のエネルギー調節を標的とする。AICARはAMP/ATP比を変化させ、tRNAのアミノアシル化にATPを使用するSerRSmtに影響を与える。Torin 1やRapamycinのようなmTOR阻害剤は、タンパク質合成の全体的な速度を減衰させることによって働く。この翻訳速度の低下は、SerRSmtを含むtRNAリガーゼに対する細胞内の要求を低下させ、間接的に酵素活性を変化させる。ミトコンドリアのATP合成酵素阻害剤であるオリゴマイシンなどの化合物は、SerRSmtが触媒するATP依存的アミノアシル化反応に重要なATPプールに即効性がある。
間接的な阻害剤としては、DNAインターカレーターや、ミトキサントロンやエトポシドのようなトポイソメラーゼ阻害剤があり、これらはミトコンドリアの遺伝子発現に影響を与える。SerRSmtはミトコンドリアタンパク質の翻訳に重要であるため、ミトコンドリア遺伝子の発現が阻害されると、間接的にその機能が損なわれる可能性がある。ペプチドデホルミラーゼを阻害するアクチノニンのような化合物は、タンパク質のターンオーバー速度を低下させ、アミノアシル化tRNAの需要とSerRSmtの活性に影響を与える可能性がある。 プリン合成阻害剤であるアザチオプリンは、さらにATPプールに影響を与え、SerRSmtのATP依存性活性に下流の影響を与える可能性がある。 これらの化合物を総合すると、SerRSmtの酵素活性を阻害する様々な間接的経路が明らかになる。
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