SEMA6C阻害剤として分類される化学物質は、SEMA6Cタンパク質の活性に間接的に影響を与える化合物であろう。これらの阻害剤は、SEMA6Cに直接結合して阻害するのではなく、軸索誘導、免疫調節、血管新生など、SEMA6Cが関与していることが知られている、あるいは関与していると予想されている細胞内シグナル伝達経路やプロセスを標的とする。これらの阻害剤の主な作用機序は、SEMA6Cが制御する、あるいは制御される可能性のある細胞内シグナル伝達カスケードに影響を与える能力を中心に展開される。
例えば、AMPK活性化剤であるメトホルミンは、広範な細胞プロセスを調節することができ、そのうちのいくつかはSEMA6Cが影響を及ぼす可能性がある。同様に、LY294002やwortmanninのようなPI3K阻害剤は、下流のシグナル伝達経路を破壊することができ、SEMA6Cが関与するプロセスに影響を与える可能性がある。SEMA6Cがこれらの生物学的プロセスにおいて役割を果たすことが知られているように、ラパマイシンによるmTORの阻害、および細胞遊走と血管新生に対するその効果は、SEMA6Cの機能と交差する可能性がある。Rac1阻害剤NSC23766とROCK阻害剤Y-27632は、それぞれ細胞骨格ダイナミクスと細胞運動性を変化させることができ、これらはSEMA6Cが制御分子として働く可能性のある細胞応答である。U0126やPD98059のようなMAPK/ERK経路阻害剤は、SEMA6Cの細胞内での役割の重要な側面である細胞誘導とシグナル伝達を変化させることが知られている。JNK阻害剤SP600125とSrcファミリーキナーゼ阻害剤PP2は、SEMA6Cによって制御される可能性のあるシグナル伝達カスケードと細胞応答を変更することができる。TGF-βシグナル阻害剤SB431542は、SEMA6Cが機能するセマフォリンシグナル伝達経路と相互作用する可能性がある。
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