Sec15Bの化学的阻害剤は、小胞輸送と細胞骨格ダイナミクスの様々な段階を破壊し、それによって小胞の細胞膜でのドッキングと融合におけるタンパク質の役割を阻害する。ブレフェルジンAは、ARF1/COPI相互作用を阻害することによって小胞輸送を阻害する。この相互作用は、小胞体が小胞体からゴルジ装置へ移動する基本的なプロセスである。同様に、Exo1とゴルジサイドAは、小胞体からの小胞形成に必要なARF1のグアニンヌクレオチド交換因子(GEF)であるGBF1を標的とする。この阻害は小胞輸送の減少につながり、エキソサイトーシスにおけるSec15Bの機能を間接的に抑制する。DynasoreとMiTMABはともにダイナミンGTPase活性を標的とし、これはクラスリンでコートされた小胞の放出に重要である。小胞の脱離を阻害することにより、これらの阻害剤は最終的にSec15Bが作用できる小胞の数を減少させ、小胞の標的化と融合におけるSec15Bの機能を低下させる。
Sec15Bのさらなる機能阻害は、それぞれ微小管とアクチンフィラメントを崩壊させるノコダゾールやサイトカラシンDのような化合物によって達成される。このような崩壊は、Sec15Bがその効果を発揮する重要な段階である、細胞内での小胞の運搬と移動にとって有害である。ラトルンクリンBとジャスプラキノライドはアクチンの動態に異なる影響を与える。ラトルンクリンBはアクチン単量体に結合してその重合を妨げるが、ジャスプラキノライドはフィラメントを安定化させ、その適切な動態を妨げる。どちらの作用も、Sec15Bが関与する小胞のドッキングと融合過程に障害をもたらす。ML141によるCdc42の阻害もまた、アクチンフィラメントの構成を破壊し、小胞の細胞膜への移動に影響を与える。SecinH3はシトヘシンを標的とし、小胞輸送、ひいてはSec15Bの役割を媒介するのに不可欠なARF GTPase活性を低下させる。最後に、SMIFH2はホルミンを介したアクチン核形成を阻害し、細胞内でのSec15Bの適切な局在と機能に必要なアクチンフィラメントの形成をさらに阻害する。
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