制御因子X-B(RFX-B)の化学的阻害剤は、RFX-B自体がこれらの化合物の直接的な標的ではないため、主に間接的なメカニズムによって機能する。これらの化学物質は、RFX-Bの転写調節活性、特に主要組織適合性複合体クラスII(MHC-II)遺伝子の発現を調節するRFX-Bの役割の上流あるいは不可欠なシグナル伝達経路を破壊する。シクロスポリンA、アスコマイシン、タクロリムス、ピメクロリムス、ソトラスタウリンなどの化合物は、カルシニューリンという酵素を阻害することによって作用する。それぞれのイムノフィリン(シクロスポリンAはシクロフィリン、その他の分子はFKBP12)に結合すると、これらの分子はカルシニューリンの脱リン酸化活性を阻害する。この阻害作用により、活性化T細胞核因子(NFAT)が核内に移動し、MHC-II遺伝子のプロモーター領域に結合することができなくなる。その結果、これらの遺伝子の発現を制御するRFX-Bの能力は低下する。
ラパマイシンとしても知られるシロリムスのような他の化学物質は、FKBP12に結合することによって別の経路を標的とするが、その主な作用機序は哺乳類ラパマイシン標的(mTOR)の阻害によるものである。mTOR活性を抑制することで、シロリムスは、遺伝子発現におけるRFX-Bの役割に間接的に影響を与えうる様々な転写プログラムを阻害する。さらに、PKC阻害剤のロットレリンとソトラスタウリンは、上流のシグナル伝達を阻害することによってNFATの活性化を抑制し、RFX-Bが介在する遺伝子発現を同様にダウンレギュレートする。さらに、クルクミン、レスベラトロール、PDTC、Bay 11-7082、MG-132のような化合物は、NF-κB経路を標的とする。これらの阻害剤は、NF-κBの活性化と核内転座を制限し、その結果、RFX-Bの制御範囲にある特定のMHC-II遺伝子の完全な活性化に不可欠となる。NF-κBを阻害することによって、これらの化合物はMHC-II遺伝子の発現を減少させ、それによってこの文脈におけるRFX-Bの機能を阻害する。全体として、これらの阻害剤の集団的作用により、免疫系内で標的遺伝子を制御するRFX-Bの機能的能力が低下する。
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